Op 14 februari 2014 heeft de Vlaamse Regering gekozen voor een systeem van gedifferentieerde tolheffing op de drie Scheldekruisende tunnels (de Liefkenshoektunnel, de Kennedytunnel en de Scheldetunnel) op snelwegniveau om het verkeer te sturen. De Waaslandtunnel valt hier niet onder want dit is een lokale tunnel. Vrachtverkeer zal de hoogste tol betalen in de Kennedytunnel, een lagere tol in de nieuwe Scheldetunnel en de laagste tol in de Liefkenshoektunnel. De verschillende toltarieven zijn nog niet bepaald. Voor personenvervoer blijft wel één tunnel tolvrij. Dit systeem wordt volop uitgewerkt, in overleg met Europa. Met deze beslissing willen de Vlaamse Regering het verkeer optimaal sturen en wegleiden van de stad.